Jacques Hainard fait ses études à l’Université de Neuchâtel. En 1971, après avoir été conservateur au musée d’ethnographie de Bâle, il part au Zaïre pour deux ans avec le projet de devenir africaniste. Il prend alors conscience de sa vocation et revient en Suisse pour être conservateur de musée. D’abord, chef de travaux à l’Institut d’ethnologie de l’Université de Neuchâtel il sera nommé directeur du Musée d’ethnographie de Neuchâtel (MEN) en 1980.
Il organisera jusqu’en 2006 vingt-cinq expositions temporaires. Jacques Hainard a opté dès sa nomination pour une muséologie de la rupture, ne voulant plus se contenter de juxtaposer des objets, ce que faisaient alors la plupart des musées. Chaque exposition doit raconter une histoire. Il s’agissait aussi de concevoir une muséographie qui interpelle le visiteur, sollicite son esprit critique et le conduise à se remettre en question. Les thèmes choisis font échos aux problèmes de la société contemporaine. Jacques Hainard considère le musée d’ethnographie
comme un lieu de déstabilisation culturelle dans le sens où la vérité ne peut être que très relative.
Les expositions La différence (1995), Natures en tête (1996), Derrière les images (1998) et La grande illusion (2000- 2001) constituent quatre événements reconnus sur le plan international. Présentées dans plusieurs villes, elles mettent en jeu des prises de position qui interrogent les principes de mise en scène d’un discours muséographique. En 2006, il quitte le MEN pour le MEG (Musée d’ethnographie de Genève) où il est nommé directeur (2006 à 2009).